El Fondo de Fomento Algodonero se creó mediante la Ley 219 de 1995 para el manejo de los recursos provenientes del recaudo de la cuota de fomento algodonero y del patrimonio formado por éstos. Estos recursos son administrados por la Confederación Colombiana del Algodón, CONALGODON, como entidad gremial cúpula representativa del sector algodonero nacional, mediante contrato suscrito con el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural, el cual se renueva cada diez años.

La cuota de fomento algodonero es una cuota parafiscal, equivalente al medio por ciento (0.5%) del valor de cada kilogramo de fibra de algodón de producción nacional y al uno por ciento (1%) del valor de cada kilogramo de semilla de algodón de producción nacional.

La entidad administradora maneja estos fondos en una cuenta especial y separada de sus propios recursos. El recudo de la cuota de Fomento Algodonero está dirigido, en términos generales, a apoyar los avances en la competitividad de la producción y desmote del algodón, mediante la financiación y/o cofinanciación de programas y proyectos relacionados con las siguientes áreas: