Un grupo de agricultores, consientes de la importancia de liderar a los algodoneros y desmotadores del país, a raíz del debilitamiento de la Federación Nacional de Algodoneros y la difícil situación de la cosecha algodonera 1977/78, vieron la necesidad se crear la Confederación, como una entidad independiente a las empresas locales, que se dedicara a la representación del sector ante los entes gubernamentales.